Endonuclease（內切酶）、Exonuclease（外切酶）
該如何區分？

英文字根
endo-：內部、內側的
exo-：外部、外來的
nuclease：核酸酶

有人說：
切一段掉下來，外切
斷頭斷尾，外切
中間挖一段掉，內切
細菌DNA呈環狀，一定是內切

如何區分內切與外切？

如果有一段序列是：123456789

切除 123 是外切，毫無疑問
切除 456 是內切，毫無疑問
那如果是切除 789呢？
則是可內切、可外切，端看方向：從7到9是內切，從9到7是外切

判斷方向
外切：從兩側端點往內
內切：中間往外

那為何科學家要區分這兩種酶，不是都能達到相同結果？
方向不同怎麼了嗎？
本質原因在於，酵素活性中心的設計不同
exo 必須「抓住自由末端的 3′-OH 或 5′-P」，所以它只能從端點逐步啃掉
endo 則能「在雙股或單股鏈的中間直接辨識並切開一段磷酸二酯鍵」，所以它不需要末端

生活化比喻：
外切：情侶吃Pocky
內切：悍妻拿菜刀

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endo沒有端點的限制
可以做到exo能做的事情，想切哪、想砍哪就怎麼來
那endo豈不是更完善的解決方案？exo豈不是可作廢了？

答案為否：
因為endo是隨機或特定點位，不依賴端點
而exo是從端點開始

想像成電腦記事本，輸入一連串的文字
兩種修改文字的方式
內切酶：Ctrl+F 任意搜尋後 Ctrl+X／或者Ctrl+R Replace””，來達成剪切效果
外切酶：只能在一行文字的最左側 進行Delete／在最右側 進行Backspace

內切只要搜尋匹配就會發生（多處作用），外切只能端點進行（單點作用）
因為功能不同，不會說哪個是更完美的解決方案
譬如有時候只是想調整一處小Bug，而不是全局匹配都跟著改

（阿，內切的比喻似乎不夠準確…實際上比較像按下Enter換行、執行剪斷而已）

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內切酶：可以任何位置切割鹼基或特定序列，通常是在中間（內部）
外切酶：只能在有游離的3’端或5’端的地方進行切割（3’→5’外切酶 或 5’→3’外切酶）

若一開始的序列，要剪掉”789″

內切法：切除6/7，總共一刀（找到定點）
1 2 3 4 5 6 | 7 8 9

外切法：切除9、切除8、切除7，總共三刀（逐一移除）
1 2 3 4 5 6 7 8 | 9
1 2 3 4 5 6 7 | 8
1 2 3 4 5 6 | 7

細菌是環狀DNA，無法從端點下手，所以怎麼切都是內切

BTW
大多數限制酶（Restriction Enzymes）都是內切酶（Endonucleases）
限制酶的全名其實是「限制性內切酶（Restriction Endonuclease）」
它們能夠辨識特定短序列，最早是細菌的防禦機制
用來切斷來自病毒（ex: 噬菌體）的外來DNA